Fysioterapian tavoitteena on edistää ja ylläpitää kuntoutujan liikkumis- sekä työ- ja toimintakykyä ja turvata kehitysmahdollisuudet niin, että hän kykenee toimimaan elinympäristössään ja selviytymään jokapäiväisen elämänsä vaatimuksista optimaalisen liikkumis- ja toimintakyvyn avulla.
Yksilölliset tavoitteet määritellään kuntoutujan iän ja voimavarojen sekä ongelmien laadun ja vaikeuden perusteella yhteistyössä kuntoutujan ja mahdollisuuksien mukaan hänen omaisensa/lähipiirin kanssa.
Terapia on mahdollista toteuttaa kuntoutujalle parhaiten sopivassa ympäristössä. Usein, varsinkin pienen lapsen kohdalla, on tarkoituksenmukaisinta aloittaa hänelle tutussa ympäristössä. Elämäntilanteiden ja tarpeiden muuttuessa on terapia mahdollista toteuttaa myös esim. päiväkodissa, koulussa, uimahallissa, kuntosalilla jne. Terapia on tuloksellisinta, kun se nivoutuu kuntoutettavan toimintaympäristöön, vastaa tämän kehityksellisiä tarpeitaan ja kuntoutukseen osallistuvat tekevät yhteistyötä yhdessä laadittujen tavoitteiden mukaisesti. Vaikeavammaisten lääkinnällinen kuntoutus perustuu kuntoutujan hoitavan tahon laatimaan kuntoutussuunnitelmaan.